서천호(53) 국가정보원 2차장이 14일 서울시 공무원 간첩사건 증거조작과 관련한 책임을 지고 물러났다.

서 차장은 이날 오후 대국민 사과문을 통해 "그동안 대공수사팀에서 국가안보를 위해 간첩수사에 최선을 다했으나 항소심 과정에서 증거제출과 관련해 불미스러운 일이 있었던 것을 송구스럽게 생각한다"며 "모든 책임을 지고 사직서를 제출했다"고 밝혔다.

서 차장은 "실무진이 상부에 보고하지 않고 진행한 사안이지만 지휘책임을 진 사람으로서 무한한 책임을 느끼며 국민 여러분께 머리 숙여 사과드린다"고 말했다.

박근혜 대통령은 서 차장의 사표를 즉시 수리했다. 박 대통령은 지난달 10일 청와대 수석비서관회의를 주재한 자리에서 간첩사건 증거조작 의혹에 유감의 뜻을 밝히면서 "검찰 수사결과 문제가 드러나면 반드시 바로잡을 것"이라고 말했다.

이에 앞서 서울중앙지검 수사팀(팀장 윤갑근 검사장)은 이날 국정원 대공수사국 이모 처장과 선양총영사관 이모 영사를 불구속 기소하고, 선양총영사관에 파견된 국정원 소속 권모 과장을 시한부 기소중지했다.

검찰은 다만 남재준 국정원장과 증거위조 사실을 인지 또는 묵인한 것으로 의심받은 검사 2명은 사법처리 대상에서 제외됐다. 검찰은 남 원장이 증거위조 등을 지시하거나 개입한 사실이 확인되지 않아 무혐의 처분했다고 밝혔다.

또 유우성씨 간첩사건의 수사 및 공판을 담당한 이모 부장검사 등 검사 2명 역시 증거위조 등에 관여하거나 위조한 사실을 알고도 법원에 증거로 제출한 사실은 확인되지 않아 혐의가 없어 불기소 처분했다.

이에 따라 검찰 수사는 국정원에 막히고 제식구 감싸기로 끝났다는 비판을 받게 됐다.

이로써 변호인이 증거조작 의혹을 제기한 지 59일 만에, 검찰이 수사에 공식 착수한 지 38일 만에 관련자들이 재판에 넘겨졌다.

이 처장과 권 과장은 지난해 9월 말 '유가강(유우성) 등의 출입경사실을 확인하고, 그 내용이 사실과 틀림없다'는 내용의 허위 확인서를 이 영사로부터 전달받아 검찰에 제출한 혐의를 받고 있다.

이 처장과 권 과장은 또 김 과장과 공모해 지난해 11월 중국 국적의 협조자를 통해 '중국 허룽시 공안국에서 유우성(34)씨에 대한 출입경기록을 발급한 사실이 있다'는 취지의 허룽시 공안국 명의 출입경기록 발급확인서를 위조한 혐의를 받고 있다.

이들은 같은 달 27일 인터넷 팩스 발신번호를 조작해 허룽시 공화국에서 선양총영사관으로 두 차례에 걸쳐 공문을 발송한 것처럼 가장했으며, 발송사실을 지난해 12월 5일과 13일 각각 법원에 제출했다.

이 처장은 아울러 권 과장 등 부하 직원들과 공모해 지난해 12월 '중국 싼허변방검사참에 문의하고 변호인 측 정황설명에 대한 답변서(정황설명 일사적답복)를 전달받았다'는 내용의 허위 확인서를 이 영사 명의로 작성하고, 올해 1월 법원에 제출한 것으로 조사됐다.

이밖에 김 과장은 중국 국적의 협조자 김씨와 공모해 지난해 12월 싼허변방검사참 명의 답변서를 위조하고 이를 진본인 것처럼 속여 허위 범죄신고서와 함께 법원에 제출한 사실이 적발됐다.

이들은 지난해 2월에도 옌볜조선족자치주 공안국 명의 출입경기록 1부와 장춘시 공증처 명의 공증서 2부를 위조한 것으로 확인됐다.