생애
[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 금창원 쓰리빌리언 대표이사.

금창원은 쓰리빌리언(3billion)의 대표이사다.

1981년 5월 태어났다.

숭실대학교 생명정보학과를 졸업하고 한국과학기술원에서 생명정보학 석사학위를 받았다.

미국 서던캘리포니아대학교(USC)에서 생명정보학 박사과정을 수료했다.

분자설계연구소 연구원으로 근무하다 2012년 제퍼런스를 설립했다.

회사를 접고 미크로젠에 합류해 임상유전학팀장으로 근무했다.

2016년 마크로젠 유전체 사업을 분사해 쓰리빌리언을 설립하고 희귀질환 진단 사업을 시작했다.

축적된 유전체 데이터를 기반으로 AI 기반 신약을 개발하면서 미국시장 진출에 공을 들이고 있다.

경영활동의 공과
[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 금창원 쓰리빌리언 대표이사(왼쪽)가 2025년 9월22일 서울대병원과 희귀질환 유전체 진단 및 치료제 개발을 위한 업무협약(MOU)을 체결하고 채종희 서울대병원 희귀질환센터장과 기념촬영을 하고 있다. <서울대병원>

△쓰리빌리언의 지배구조
쓰리빌리언은 인공지능(AI) 기반 희귀질환 진단 기업이다. 국내 최대 유전체 분석 회사인 마크로젠에서 임상유전학팀을 이끌던 금창원이 2016년 스핀오프해 창업한 회사다. 2024년 11월 코스닥에 상장했다.

쓰리빌리언은 인공지능을 활용해 유전체에서 발견되는 다양한 유전 변이의 병원성을 판독하는 기술을 독자적으로 개발했다. 대표 기술로는 변이의 병원성 여부를 자동 해석하는 'EVIDENCE', 알려지지 않은 변이의 병원성을 예측하는 '3Cnet', 그리고 여러 변이 중 질병 유발 가능성이 높은 순서를 제시하는 '3ASC'가 있다.

희귀질환은 전 세계적으로 약 1만 종 이상 알려져 있으며, 이 중 80%가 유전 요인과 관련이 있다. 환자 한 명의 유전체를 분석하면 수십만에서 수백만 개의 변이가 발견되는데, 이를 모두 판독하기 위해서는 인공지능의 개입이 필수적이다.

전장유전체 기반 환자 분석에서 원인 변이를 높은 정확도로 추출해내는 능력은 쓰리빌리언의 주요 강점으로 꼽힌다.

쓰리빌리언의 가장 큰 경쟁력은 희귀질환 데이터다. 2025년 7월 기준 회사가 확보한 누적 데이터는 8만 건 이상이며, 2025년 9월 현재 매출은 70여 개국에서 발생하고 있다. 이 과정에서 다인종·다기관 데이터를 축적하며 글로벌 차원의 데이터 품질을 확보하고 있다.

특히 전체 매출의 87%가 환자 샘플을 직접 분석해 결과를 제공하는 ‘풀서비스’ 모델에서 나온다. 데이터 확보와 매출 성장이 선순환을 이루고 있다.

쓰리빌리언의 회사명은 인간 DNA의 전체 염기쌍의 수가 약 30억 개라는 사실에서 따와 '30억(3billion)'이라고 명명한 것이다.

쓰리빌리언의 이사회는 2025년 8월14일 현재 3명의 사내이사와 1명의 사외이사로 구성돼 있으며, 이사회 내 별도의 위원회를 두고 있지 않다.

사내이사 3명은 금창원, 김세환 CIO, 이동현 CFO가, 사외이사는 한유진 숙명여대 글로벌서비스학부장이 맡고 있다. 금창원이 이사회 의장을 겸직하고 있다.

쓰리빌리언은 2025년 8월14일 현재 별도의 감사위원회를 설치하고 있지 않으며, 이준일 경희대 회계세무학과 부교수가 비상근감사로 감사업무를 수행하고 있다.

쓰리빌리언은 2025년 6월30일 현재 계열사나 연결대상종속회사가 없다.

금창원은 2025년 6월30일 현재 쓰리빌리언 주식 540만주(17.02%)를 들고 있는 최대주주다. 금창원은 김세환 CIO 5.67%, 강기현 씨 0.70 %, 이정설 CTO 0.71%, 서고훈 CMO 0.57% 등 특수관계인 지분을 포함 25.09 %의 지분율로 쓰리빌리언을 지배하고 있다.

[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 쓰리빌리언의 실적 <그래프 비즈니스포스트>

△2024년 흑자전환 실패
쓰리빌리언은 2025년 상반기 매출 46억 원, 영업손실은 36억 원, 당기순손실 33억 원의 실적을 발표했다.

매출은 전년동기 대비 107% 성장했다. 2024년 기업공개(IPO) 당시 제시한 연간 매출목표 90억 원 달성은 가능할 것으로 예상했다.

특히 2025년 2분기 매출은 26억 원으로 전년동기 대비 101% 증가했으며, 전분기 대비 29.3% 성장했다. 2분기 영업손실은 16억 원으로 전년동기와 유사했다.

2분기 매출 성장의 주요 동력은 전장엑솜(WES) 및 전장유전체(WGS) 기반 희귀질환진단 유전자검사로 이를 통해 해외매출의 72%에 이르는 실적을 냈다.

2025년 상반기 20여 편의 임상 논문발표와 인공지능(AI) 희귀질환 유전진단 기술력에 대한 의료진들의 신뢰에 기인한 것으로 분석했다.

현재 북중미, 유럽 등 70여 개국에서 신규 의료진 고객이 지속 확대되고 있으며, 기존 고객의 검사 주문량도 증가하고 있다.

쓰리빌리언이 2025년 정식 출시한 AI기반 유전변이 해석 소프트웨어 '제브라(GEBRA™)'는 베타 서비스를 포함해 현재 12개국에 구독형(SaaS)으로 제공중이다. 제브라를 통해 회사는 매출성장 속도를 가속화할 수 있을 것으로 기대하고 있다.

△서울대병원과 희귀질환 진단·치료제 개발 위해 맞손
쓰리빌리언이 서울대병원과 손잡고 희귀질환 유전체 진단·치료제 개발에 힘을 모으기로 했다.

쓰리빌리언은 2025년 9월23일 서울대 희귀질환센터와 업무협약(MOU)을 체결하고 유전체 검사 기술 개발과 임상 검증, 신약·치료제 연구개발(R&D), 임상연구·학술 교류 확대 등에 뜻을 같이 했다.

서울대병원 희귀질환센터는 희귀질환 분야에서 정밀진단과 치료·예방 전략 수립을 위한 임상·유전체 통합 역량을 보유했다. 분자진단·유전자·유전체 검사부터 신약 개발 임상 검증에 다양한 연구를 수행해왔다. 쓰리빌리언의 유전변이 해석 플랫폼과 결합해 더욱 정확한 유전체 진단과 환자 맞춤형 치료제 개발을 가속화할 수 있을 것으로 기대를 받았다.

금창원은 “임상 현장과 연구개발 역량이 결합해 실질적인 성과를 창출하길 바란다”면서 “국내외 희귀질환 정밀의료 연구의 새로운 모델을 제시하겠다”고 말했다.

△AWS 행사서 AI 유전체 해석 SaaS 사례 발표
쓰리빌리언은 2025년 9월11일 대한상공회의소에서 개최된 AWS 퍼블릭 섹터 데이 2025에서 AI 유전체 해석 SaaS(서비스형 소프트웨어) 구축 사례를 발표했다.

쓰리빌리언은 ‘유전체 분석, AWS로 빠르게 데이터 처리와 글로벌 서비스 실현’ 주제 발표에서 개인별 전장유전체 분석 시 생성되는 100~200GB의 대용량 데이터를 효율적으로 처리하고 자체 유전변이 해석 소프트웨어 ‘GEBRA(제브라)’의 SaaS화를 통한 의료AI 플랫폼 구축 노하우를 공유했다.

글로벌 데이터 보안 기준 충족을 위한 거버넌스 설정과 안정성·확장성을 높인 인프라 구축 경험도 소개해 관심을 끌었다'

제브라(GEBRA)는 쓰리빌리언이 자체 개발한 AI 유전변이 해석 소프트웨어로, 환자 유전체에서 수백만 개 변이를 분석해 질환 연관성이 높은 후보를 선별하고 최종 임상 리포트를 제공한다.

△미국 유전자 검사업체 인수, 현지 진출 본격화
쓰리빌리언이 미국 시장 진출을 위한 현지법인 설립에 나섰다.

2025년 9월9일 쓰리빌리온은 미국 현지법인 설립에 42억 원을 투입키로 했다고 공시했다.

쓰리빌리언은 미국 델라웨어주에 설립 예정인 3billion US, Inc.의 주식 300주(100%)를 취득하기로 했다. 취득금액은 300만 달러(약 42억 원)다.

현지법인은 WES·WGS 기반 희귀질환 진단 유전자 검사를 주요 사업으로 한다. 델라웨어주에서 설립 후 텍사스주 오스틴으로 사업장을 이전하기로 했으며 이번 출자 완료는 2025년 10월14일로 예정했다.

쓰리빌리언은 2025년을 미국 시장 진출 원년으로 설정하고 공격적인 해외 진출에 나서고 있다. 회사는 인공지능(AI) 기술로 희귀질환 진단 검사 기술을 개발하고 있으며, 이미 미국 임상검사 실험실 표준인 CLIA와 미국병리학회(CAP) 인증을 보유하고 있어 현지 사업 기반을 갖춰놨다.

△미국 비영리단체와 손잡고 희귀질환 환아 지원
쓰리빌리언이 미국 비영리단체와 협력해 초희귀 YWHAG 유전자 변이를 가진 환아의 치료를 지원하기로 했다.

쓰리빌리언은 2025년 8월26일 미국 비영리단체 N=1 콜라보레이티브(N=1 Collaborative, 이하 N1C)와 함께 YWHAG 유전자 변이를 가진 환아들을 위한 정밀 유전체 분석을 지원키로 했다고 밝혔다.

지원 대상은 미국 캘리포니아에 거주하는 5세 소년 제임스 군이다. 이 소년은 발작과 발달 지연을 유발하는 YWHAG 유전자 변이를 가지고 있다. 이는 전 세계적으로 약 50건만 보고된 초희귀질환으로, 현재까지 승인된 치료법이 없어 환아와 가족들이 치료에 큰 어려움을 겪고 있다.

쓰리빌리언은 고해상도 전장유전체(WGS) 분석과 AI 기반 유전변이 해석 기술을 통해 제임스 군의 DNA를 정밀 분석했다.

변이 유전자만 선택적으로 겨냥할 수 있는 핵심 정보를 도출해 N1C에 제공함으로써 맞춤형 치료제 개발의 출발점을 마련했다.

N1C는 2019년 세계 최초로 단일 환자를 위한 맞춤 신약 ‘밀라센(Milasen)’을 개발해 FDA 승인을 받은 미국 비영리단체다. 자체 기부 프로그램을 통해 글로벌 기업 및 연구기관이 참여하는 협력 생태계를 조성하며 초희귀질환 맞춤 치료제 개발을 선도하고 있다.

N1C는 쓰리빌리언의 분석 결과를 기반으로 글로벌 임상시험수탁기관(CRO) ‘찰스 리버’와 협력해 제임스를 위한 ASO 치료제 설계를 추진할 예정이다.

YWHAG 유전자 변이를 가진 다른 환아들에게도 새로운 치료 가능성이 열릴 것으로 기대를 받았다.

△모로코에 ‘유전변이 AI솔루션’ 공급
모로코 공공의료기관에 쓰리빌리언의 유전변이 AI솔루션이 도입된다.

쓰리빌리언은 2025년 8월4일 모로코 공공의료기관 모하메드 6세 과학건강재단(Fondation Mohammed VI des Sciences et de la Santé, FM6SS재단)과 인공지능(AI) 유전변이 해석 소프트웨어 ‘제브라(GEBRA™)’ 공급 및 진단시스템 고도화 계약을 체결했다고 밝혔다.

FM6SS 재단은 모로코 국왕의 후원 아래 설립된 비영리 재단으로 의료인프라 확충, 고등교육 및 연구개발, 의료서비스 개선 등 다양한 공공사업을 운영하고 있다.

이번 계약은 아프리카 최초로 신속 전장유전체분석(rapid whole genome sequencing, rapid WGS) 기반의 임상진단 체계를 구축하는 프로젝트로 쓰리빌리언의 제브라는 모로코 신생아 집중치료실(NICU)에 유전질환 진단을 위한 솔루션으로 들어가게 됐다.

쓰리빌리언은 제브라 공급을 통해 FM6SS재단 소속 의료진이 유전체 분석부터 해석, 진단리포트 생성까지 전과정을 독립적으로 수행할 수 있도록 기술을 지원하게 된다. 특히 고위험 신생아 중 급성증상을 보이는 환아를 대상으로 rapidWGS를 적용해 생존율과 치료결과에 직결되는 빠르고 정확한 진단이 가능하도록 한다.

제브라는 쓰리빌리언의 AI기술을 적용한 클라우드 기반 유전변이 해석 소프트웨어이다. 전장유전체 데이터를 분석해 병원성 변이를 자동 해석하고, 질환과 연관된 상위 5개 유전변이를 99% 이상의 정확도로 5분 이내에 선별한다.

모로코 현지 의료진은 비대면 환경에서도 신속하게 진단결정을 내릴 수 있어, 기존 수개월이 걸리던 분석 기간을 10일 이내로 단축해 긴급 진단환경에 대응할 수 있게 됐다.

해당재단은 약 3개월간 기술검토와 교육과정을 거쳐 제브라의 성능과 현지적용 가능성을 확인하고 이번 공급계약을 체결했다.

모로코에서는 매년 약 60만 명의 신생아가 태어나며 이 중 최대 10%까지 신속 전장유전체 진단 대상에 포함된다.

재단은 이번 제브라 도입을 시작으로 소아과, 신경과, 심장내과 등 다양한 진료과로 유전체 기반 정밀진단 적용을 확대한다는 계획을 갖고 있다.

쓰리빌리언은 “이번 계약은 단순한 기술수출을 넘어 현지 의료진이 자국내 유전체 기반 진단체계를 독립적으로 구축하고 운영할 수 있도록 기반 기술을 제공한 사례”라며 “제브라는 의료인프라가 제한된 환경에서도 신속하고 정밀한 진단을 가능케 하는 도구로, 글로벌 공공의료 혁신에 실질적으로 기여하고 있다”고 말했다.

△삼성서울병원 신생아 희귀질환 AI 진단 용역 계약
쓰리빌리언이 2025년 7월 삼성서울병원과 6억 원 규모의 신생아 희귀질환 진단 용역 계약을 체결했다.

이번 계약은 ‘전장 유전체 분석(WGS)’ 기술을 활용한 정밀 진단 고도화를 목표로 한다.

쓰리빌리언은 ‘래피드(Rapid) WGS 분석을 통한 급성 중증 신생아 희귀질환 진단강화 과제 용역’ 계약을 체결했다고 2025년 7월1일 공시했다. 계약 금액은 6억1363만 원으로, 2024년 매출액(57억7209만 원)의 10.63%에 해당한다.

쓰리빌리언은 ‘래피드 트리오 WGS 테스트’로 기재된 유전자 검사 서비스 150건을 삼성서울병원에 공급키로 했다.

계약 기간은 2025년 7월1일부터 2026년 12월 31일까지다.

△바이오USA서 글로벌 제약사와 협력 강화
쓰리빌리언은 글로벌 제약사들과의 협력을 강화해 네트워크를 확보하고 글로벌 시장에서의 영향력을 강화하는 데 힘을 주고 있다.

쓰리빌리언은 2025년 6월16일~19일(현지시간) 미국 보스턴에서 열린 ‘2025 바이오 인터내셔널 컨벤션(바이오USA)’에서 30건 이상의 글로벌 파트너링 미팅을 갖고 협력방안을 논의했다.

AI를 활용해 발굴한 신약 후보물질을 외부에 처음 소개하고 회사의 신약개발 전략과 역량을 글로벌 제약사에 공유하는 자리를 가졌다.

회사는 희귀 유전질환 환자로부터 축적된 8만 건 이상의 임상 및 유전체 데이터를 기반으로 PLM(Protein Language Model)을 활용한 타깃 발굴 및 후보물질 예측 기술을 고도화해 AI 신약개발 플랫폼을 구축했다.

쓰리빌리언은 나흘간의 행사기간 내내 글로벌 제약사들과 다양한 주제로 협업 가능성을 논의했다. 특히 글로벌 100대 제약사에 AI 신약 개발 기술과 초기 비임상 검정 단계에 들어간 2건의 신약 후보물질을 소개했으며 표적 발굴 협력·정밀 진단 연계 등 다양한 주제로 논의가 이뤄졌다.

특히 쓰리빌리언의 강점인 WES·WGS 기반 희귀질환 진단 역량과 AI 유전변이 해석 기술력을 활용해 신약 타깃의 정밀도와 임상 적용 가능성을 높일 수 있다는 점에서 글로벌 제약사들의 많은 관심을 받았다.

[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 금창원 쓰리빌리언 대표이사가 2025년 5월26~27일 홍콩에서 열린 ‘ASGH 2025(Asia Summit on Global Health 2025)’ 에 참석해 기념사진을 찍고 있다. <쓰리빌리언>

△홍콩 ‘ASGH 2025’에 패널 연사로 참여
쓰리빌리언이 아시아 최대 보건의료 혁신·투자 콘퍼런스인 ASGH(Asia Summit on Global Health, 아시아 의료건강 서밋)에 연사로 참석해 희귀질환 진단의 접근성 제고방안에 대해 설명했다.

2025년 5월26~27일 홍콩에서 열린 ‘ASGH 2025(Asia Summit on Global Health 2025)’에서 금창원이 패널 연사로 참여했다.

행사에서 금창원은 ‘미충족 의료 수요 해결: 희귀의약품과 희귀질환 치료(Addressing Unmet Needs: Orphan Drugs and Rare Disease Treatments)’ 세션에 연사로 나서 전 세계 희귀질환 진단의 접근성 제고와 AI 기술을 활용한 진단 효율화 방안에 대해 설명했다.

쓰리빌리언이 희귀질환 분야에서 축적한 기술과 글로벌 현장 경험을 바탕으로, 의료 AI가 풀어야 할 중요한 사회적 문제에 대한 방향성을 제시했다.

해당 세션은 홍콩대학교 브라이언 정 교수(Dr. Brian Chung)가 좌장을 맡고, 네덜란드 위트레흐트 대학병원의 제프리 빅크만 교수(Prof. Dr. Jeffrey Beekman), 중국 Wonder Sir의 천이웨이 박사(Dr. Chen Yiwei) 등 글로벌 전문가들이 함께 패널로 참여했다.

금창원은 바이오인포매틱스 전문가로, 희귀질환 유전체 분석 기술 고도화에 집중하며 AI 기반 해석 소프트웨어를 독자적으로 개발해왔다.

바이오인포매틱스(Bioinformatics)는 생물학 데이터의 폭발적인 증가에 대응해 컴퓨터와 정보 기술을 바탕으로 생물학적 지식을 추출하고 분석하는 융합 학문 분야다.

행사는 아시아 최대 보건의료 혁신·투자 콘퍼런스다. 홍콩 정부와 홍콩무역발전국이 공동 주최하는 연례 행사다.

매년 헬스케어·바이오업계와 정부 관계자들이 연사, 전시사 등으로 참여해 산업 트렌드와 협업 기회를 함께 모색하는 글로벌 행사로 매년 3천여 명이 행사를 찾는다.

△ESHG 2025서 AI 기반 유전체 분석 기술 소개
쓰리빌리언이 유럽시장 공략을 시작했다.

쓰리빌리언은 2025년 5월24~27일(현지시간) 이탈리아 밀라노에서 열린 ‘유럽인간유전학회(ESHG, European Society of Human Genetics) 2025’에 참가해 유럽 시장 공략에 나섰다.

ESHG는 유전학 분야 세계 3대 학회 중 하나로, 전 세계 유전학자와 임상의, 연구기관이 참여해 최신 기술과 임상 활용 사례를 공유하는 국제 학술 행사다.

쓰리빌리언은 이번 학회에서 단독 부스를 운영하며 전장엑솜(WES)·전장유전체(WGS) 기반 진단 서비스와 AI 유전변이 해석 소프트웨어 ‘제브라(GEBRA™)’를 소개했다.

7만5천 건 이상의 글로벌 유전체 데이터를 학습한 GEBRA는 환자의 10만개 이상 변이 정보를 5분 내외로 해석할 수 있어, 정확도와 속도 등 진단 효율을 향상시켰다.

쓰리빌리언은 학회에 부스를 마련하고 진단 인프라 부족, 유전변이 해석의 신뢰성 문제 등 현장의 어려움을 경청했으며 자사의 기술로 희귀질환 환자들의 미진단 문제를 해결할 수 있다는 점을 강조했다.

△AI 기반 유전변이 해석 소프트웨어 ‘제브라’ 정식 출시
쓰리빌리언이 2025년 4월7일 AI 기반 유전변이 해석 소프트웨어 ‘제브라(GEBRA™)’를 공식 출시했다.

쓰리빌리언은 앞서 2025년 3월 미국 로스앤젤레스에서 열린 ‘2025 ACMG Annual Meeting’에서 처음 대중에 공개한 바 있다. 2024년 말 부터 베타 서비스 사용기간과 개선을 거쳐 이번에 정식 버전으로 상용화됐다.

제브라는 쓰리빌리언이 그동안 축적해온 7만5천여 명의 환자 데이터를 기반으로 AI 기술을 접목한 소프트웨어다. 제한된 시간에 진료와 진단을 내려야만 하는 의료진이 희귀질환 환자를 더 효율적으로 진단하도록 돕는다.

주요 AI 기능인 ‘3ASC’는 질환의 원인이 되었을 가능성이 높은 유전변이와 질병 우선순위를 제공한다. 의료진은 이를 바탕으로 손쉬운 분석이 가능하다. 이 외에도 효율적인 진단 보고서 작성을 위한 템플릿, 공동 작업 기능 등, 실무적인 업무 환경의 효율화를 놓치지 않았다.

제브라는 사용자의 직관적인 인터페이스와 강력한 변이 우선순위 기능을 갖추고 있어, 연구자와 임상 유전학자들에게 실질적인 진단 도구로 활용될 전망이다.

쓰리빌리언은 지속적인 기술 개발을 통해 진단 정확도와 소프트웨어의 사용 편의성을 더욱 개선해 나간다는 계획을 세웠다.

[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 금창원 쓰리빌리언 대표이사(오른쪽)가 2025년 2월17일 전세환 한국아스트라제네카 대표이사와 비정형 용혈성 요독증후군(aHUS) 유전자 진단의 신속화를 위한 업무협약(MOU)을 체결하고 기념촬영을 하고 있다. <한국아스트라제네카>

△한국아스트라제네카와 유전자 검사 신속화 업무협약
쓰리빌리언과 한국아스트라제네카가 손을 맞잡았다. 신속 진단을 위한 유전자 검사를 위해서다.

쓰리빌리언과 한국아스트라제네카는 2025년 2월14일 비정형 용혈성 요독증후군(aHUS) 환자의 빠른 진단을 위한 유전자 검사 업무에 협력을 약속하고 신속한 검사 체계 구축에 힘을 모으기로 했다.

aHUS는 주로 감별 진단을 통해 확인되며, 60% 이상의 환자들이 10개 이상의 유전자의 이상으로 발병한다. 유전자 검사는 aHUS를 확진할 수 있는 가장 정확한 방법이다. 다만 기존의 유전자 검사 방식은 4~6주가 소요돼 질병의 급속한 악화를 방지하기 위한 치료 골든타임 내에 진단을 내리기 어려웠다.

쓰리빌리언과 한국아스트라제네카는 이번 협력을 통해 aHUS 환자의 진단을 기존 대비 3배 빠른 2주 이내에 완료할 수 있는 유전자 검사 체계를 구축할 수 있게 됐다.

쓰리빌리언은 전장유전체(WGS)와 전장엑솜(WES)을 활용해 최대 500만 개의 유전 변이를 99.4%의 정확도로 분석하며, AI 기반 유전자 진단 시스템을 통해 aHUS를 일으키는 원인 유전 변이를 5분 이내에 분석할 수 있다. 이를 통해 환자들은 빠르고 정확한 진단을 받게 되며, 치료 골든타임을 놓치지 않게 된다.

진단이 확정된 aHUS 환자들은 빠르게 C5 억제제를 통해 치료를 시작할 수 있다.

한국아스트라제네카는 C5 억제제인 ‘솔리리스(성분명 에쿨리주맙)’와 ‘울토미리스(성분명 라불리주맙)’를 공급하고 있으며, 두 약물은 보험급여 혜택이 제공된다. 이를 통해 환자들은 신속하게 치료를 받을 수 있는 체계가 마련된다.

△1.9만 명 희귀질환 환자 유전자 진단 결과 국제학술지 게재
쓰리빌리언이 1만9천여명에 이르는 희귀질환 환자를 대상으로 한 대규모 유전 진단 연구 결과를 의학 유전학 분야의 권위 학술지 ‘npj Genomic Medicine (IF 4.7)’에 발표했다고 2025년 1월24일 밝혔다.

쓰리빌리언에 따르면 이 연구의 초기 결과는 2023년 워싱턴 DC에서 개최된 세계 최고 권위의 유전학 학회 ASHG에서 구두 발표로 소개된 바 있으며, 이번에 구체적인 내용을 논문으로 출간하게 됐다.

현재 글로벌 의학 유전학계는 기존 코카시언 백인 중심의 유전체 데이터가 질병 원인 유전변이를 정확히 해석하는 데 한계가 있다는 문제를 오랜 동안 지적해 왔다.

이에 따라 쓰리빌리언 연구팀은 2020년부터 2022년까지 6개 대륙 50개국에서 의뢰된 희귀질환 환자 총 1만8994명의 전장 엑솜 시퀀싱(WES) 데이터를 분석해, 다인종 대규모 데이터의 활용이 유전변이 해석력을 얼마나 향상시킬 수 있는지 연구했다.

쓰리빌리언은 인종 구분을 정확하게 하기 위해 자체 개발한 인종 구분 알고리즘을 활용해 약 1.9만 명의 희귀질환 환자를 유전체 데이터 기반으로 8개 인종으로 정확히 분류했으며, 해당 방법론은 특허로 등록됐다.

연구 결과, 글로벌 유전변이 해석 표준으로 사용되는 gnomAD 데이터베이스와 비교했을 때, 6만8천 개의 유전변이가 다인종 데이터셋에서 기존보다 더 높은 빈도로 발견됐으며, 이 중 기존에 질병 유발 변이로 보고된 507개의 변이가 실제로는 비병원성 변이임을 밝혀냈다.

이로써 대규모 다인종 데이터가 희귀질환 환자 진단을 위한 유전변이 병원성 해석 능력을 높이는 데 크게 기여할 수 있음을 입증했다.

△소마젠과 협력해 미국 시장 진출 본격화
쓰리빌리언이 코스닥시장에 상장한 지 1주일 만에 미국에 진출했다.

쓰리빌리언은 소마젠과 함께 미국 의료시장에 희소질환 유전자 검사를 제공하는 업무협약(MOU)을 맺었다고 2024년 11월20일 밝혔다.

소마젠은 2024년 미국 국립보건원, 모더나 등과 연달아 굵직한 유전체 분석 서비스 공급 계약을 체결한 코스닥 상장사다. 미국에 본사를 둔 외국기업 기술특례상장 1호 기업이다.

두 회사는 희소질환 의심 환자의 검체를 분석하고 최종 진단 보고서를 작성하는 데 협력키로 했다. 소마젠이 미국 의료기관과 연구기관 등으로부터 검체를 의뢰받으면 쓰리빌리언이 인공지능(AI) 기반 진단 시스템을 활용해 보고서를 발행하는 구조다.

현재까지 알려진 희소질환은 1만여 종에 달한다. 종류가 워낙 다양해 의사가 모든 병을 알기란 불가능에 가깝다. 그렇다 보니 진단 자체가 어렵다. 쓰리빌리언은 AI를 접목해 유전체 변이의 병원성(질병의 원인일 가능성)을 예측하는 기술 ‘3씨넷(Cnet)’을 개발했다. 혈액 검사로 평균 3주 내 결과가 나오며, 정확도는 99.4%에 달한다.

금창원은 “미국에서는 출산 직후 중환자실에서 치료받고 있는 신생아에 대한 신속 진단 수요가 증가하고 있다”며 “이번 MOU를 통해 서비스 공급을 본격화하고 빠르게 미국 시장에 진입할 것”이라고 말했다.

한편 2024년 11월25일 쓰리빌리언은 기업공개(IPO) 기자간담회를 개최하고 코스닥 상장 후 사업 계획과 비전을 발표했다. 금창원은 “쓰리빌리언 AI 희귀질환 진단 검사 기술을 바탕으로 지난해(2023년) 전년 대비 3배 이상의 매출을 냈다”며 “2024년 상반기 누적 매출은 전년 매출 80% 달해 상장 이후 흑자전환 가능하다”고 밝혔다.

[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 금창원 쓰리빌리언 대표이사(왼쪽)가 2024년 11월12일 한국휘귀질환재단과 발달장애 및 자폐증 환우와 가족들을 위한 유전자 진단 및 유전상담서 비스 강화를 위한 업무협약을 체결하고 김현주 한국희귀질환재단 이사장과 협약서를 들어보이고 있다. <쓰리빌리언>

△한국희귀질환재단과 유전자 진단 및 유전상담서비스 협약
쓰리빌리언이 한국희귀질환재단과 발달장애 및 자폐증 환우와 가족들에 대한 유전자 진단 및 유전상담서비스 강화를 위한 업무협약을 체결했다고 2024년 11월12일 밝혔다.

이번 협약은 정확한 유전자 분석과 유전상담 지원을 통해 진단의 정확성을 높이는 한편 의료정보의 충분한 소통과 이해를 통해 의료결정의 질을 높여 환자와 가족의 삶의 질 향상을 가져오자는 데 목표를 뒀다.

양사는 이번 협약을 통해 유전상담서비스의 중요성을 의료 제도에 반영하고, 유전상담 서비스가 정식 수가로 인정받을 수 있도록 노력키로 했다. 희귀질환 환자와 가족들의 삶의 질을 높이는 실질적인 변화를 위해 지속적으로 협력해 나간다는 방침을 내놨다.

쓰리빌리언은 전장 엑솜(WES) 및 전장 지놈(WGS) 유전자 변이 데이터를 임상적으로 분석해 희귀질환의 유전자 변이를 포괄적으로 진단한다.

한국희귀질환재단은 유전자검사 전에 유전상담과 후에 검사 결과에 대한 유전상담을 제공한단 계획을 세웠다.

정확한 진단에 근거한 적절한 치료와 가족 계획을 수립할 수 있도록 지원한다는 방침도 정했다.

양사는 이번 협약이 환자와 가족들의 미래를 설계할 수 있는 유전상담서비스의료 체계를 확립하는 데 중요한 역할을 할 것으로 기대했다.

△기업공개(IPO) 기자간담회
쓰리빌리언이 2024년 11월14일 코스닥시장에 상장했다. 공모가격은 4500원으로, 상장 당일에는 변동성 완화장치(VI)가 적용되지 않는다.

2024년 11월5~6일 진행된 일반공모 청약에서 23.32대 1의 경쟁률로, 약 420억 원의 청약 증거금을 모았다. 앞서 진행한 수요 예측에서는 254.6대 1이라는 경쟁률을 기록, 공모가를 희망 밴드(4500~6500원) 최하단으로 결정했다.

금창원은 2024년 10월25일 서울 여의도에서 IPO(기업 공개) 기자간담회에서 “10만개 유전변이를 5분 내로 해석할 수 있으며 병원성 판별 정확도는 99.4%에 달한다”라며 “2025년을 세계 최대 규모인 미국 희귀 유전질환 진단 시장 진출 원년으로 삼고, 2년 이내 흑자 전환을 이루겠다”는 비전을 공유했다.

금창원은 “코스닥 상장을 통해 이미 강점을 보유한 희귀질환 진단 부문은 물론 신약 개발 기업으로 지속성장하겠다”는 포부도 드러냈다.

금창원은 “2023년 당사의 전체 매출에서 수출액 비중은 40%였고, 2024년 상반기 70%까지 끌어올렸다”며 “진단 사업은 결국 인구비례 시장이기 때문에 궁극적으로는 수출액 비중을 99%까지 확대하는 것이 목표”라고 말했다.

쓰리빌리언은 현재 60개국 400여 곳의 의료기관에 서비스를 제공하고 있다. AI를 통한 검사 방식 때문에 매출 성장 대비 고정비 지출 상승은 크지 않아 수익성 개선이 충분히 가능하다는 분석이 나왔다.

금창원은 이날 2025년 초 미국 지사 설립을 시작으로 이미 확보한 CLIA 인증을 통해 세계 최대 시장인 미국 시장 공략에 나선다는 의지를 드러냈으며 200억 원대 매출 달성 시 흑자 전환이 가능하다고 바라봤다.

쓰리빌리언은 앞서 2023년 12월29일 코스닥 기술특례상장을 위해 진행된 기술성 평가를 통과했다. 쓰리빌리언은 한국거래소가 지정한 기술평가 기관인 한국발명진흥회와 SCI평가정보로부터 모두 A등급을 받았다.

△미국의학유전학회 통해 신규 서비스 출시
쓰리빌리언이 미국의학유전학회에서 새 서비스를 선보였다.

2024년 3월13~15일 캐나다 토론토에서 열린 미국의학유전학회(ACMG 2024)에서 쓰리빌리언은 ‘Boosted Exome’, ‘3B-INTERPRETER’, ‘Rapid analysis’ 등 총 3개의 신규 서비스를 소개했다.

ACMG는 매년 연례 회의를 통해 글로벌 유전 진단 기준을 수립하고 가이드라인을 제시하는 글로벌 최대 규모의 의학유전학회이다.

Boosted Exome은 기존의 WES(전장엑솜시퀀싱)이 커버하지 못하던 변이를 검사할 수 있도록 쓰리빌리언이 직접 설계한 칩을 사용한다. 미토콘드리아 유전체 커버율을 기존 76%에서 99.8%까지 높이고, 엑솜 영역 외에 존재하는 주요 병원성 변이 영역을 추가해 진단 효율을 높인 제품이다.

3B-INTERPRETER와 Rapid analysis는 환자의 유전체 데이터를 쓰리빌리언의 AI 유전변이 해석 시스템을 활용해 진단할 수 있도록 한 서비스다. 기존 유전체 검사를 받고 진단에 실패한 환자들이 데이터만으로 검사를 받을 수 있다.

특히 이번 학회에서 처음 소개하는 ‘Rapid Analysis’ 분석 서비스는 데이터를 보유한 경우, 최대 3일 안에 검사 결과가 제공돼 중증 환자를 위한 빠른 진단의 수요를 충족시킬 수 있을 것으로 기대감을 나타냈다.

쓰리빌리언은 AI 변이 병원성 예측기 ‘3Cnet’에 이어, 환자 증상까지 고려한 AI 유전변이 우선순위화 시스템 ‘3ASC’를 개발해 3B-interpreter 와 Rapid analysis 서비스에 적용했다. 3ASC의 도움으로 데이터 분석에서 진단까지의 속도를 획기적으로 줄이면서 정확도는 한층 높일 수 있었다. 3ASC를 활용하는 경우 WGS 500만 개 유전변이 중 질병 원인 유전변이를 Top-5 정확도 기준 98.1%로 찾아낼 수 있다.
[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 2023년 3월3일부터 5일까지 UAE 두바이에서 개최된 ‘중동 희귀질환 연례학회’에서 쓰리빌리언이 인공지능 희귀질환 진단 시스템을 활용한 대규모 희귀질환 환자 진단에 대해 발표해 경쟁 구두 발표 중 1위로 선정됐다. 구두 발표를 하고 있는 금창원 대표이사. <쓰리빌리언>

△사우디 희귀질환 유전자 진단검사 사업 320만 달러 수주
쓰리빌리언은 2023년 10월25일 윤석열 대통령의 사우디아라비아 방문 경제사절단으로 동행하며 현지와의 접점을 확대하고 네트워크를 강화하고자 했다.

사우디 전국 337개 국공립병원을 대상으로 하는 320만 달러(한화 약 43억 원) 규모의 희귀질환 유전자 진단 검사 공급 사업 수주에 성공했다.

이번 희귀질환 유전자 진단 검사 공급 사업은 사우디아라비아 국립 의료기기 조달청인 NUPCO를 통해 발주됐다.

사우디의 전국 국공립병원에 사우디 정부가 글로벌 최고 수준의 진단검사를 제공하겠다는 방침을 정하면서 쓰리빌리언 이외에도 글로벌 주요 기업들이 뛰어들었던 것으로 파악된다.

특히 쓰리빌리언 금창원 대표는 윤석열 대통령의 사우디 경제사절단 일원으로 동행하며 일정을 소화하는 중 최종 사업 수주 승인을 통보받게 됐다.

근친혼이 많아 희귀질환 환자 비율이 세계에서 가장 높은 중동은 미국, 유럽과 함께 글로벌 희귀질환 3대 시장으로 꼽힌다. 중동은 주요 타깃 시장 중 하나로 쓰리빌리언도 중동 지역 공략을 위해 부단한 노력을 해왔다.

같은해 2월엔 두바이에서 개최된 중동 희귀질환 연례학회(MENA organization for rare diseases annual meeting 2023)에 참가, 대규모 희귀질환 환자 진단을 위한 인공지능 전장유전체(WGS) 해석 및 진단 시스템을 소개했다.

이러한 성과로 3월에는 사우디 정부의 대규모 희귀질환 진단 검사 서비스 공급 협상 대상자로 선정됐으며, 2단계에 걸친 NUPCO 내부 심사를 통과하고, 전문가 평가 등만을 남겨놓은 상황이었다.

대통령 사우디 경제사절단 동행 중 3단계였던 현지 희귀질환 전문의들의 의학적 유용성과 유효성에 대한 평가를 거친 쓰리빌리언은 빠르게 최종 선정까지 통과, 수주를 완료했다.

△일루미나 최신 유전체 해독기 도입 글로벌 경쟁력 확보
쓰리빌리언은 2023년 10월16일 일루미나(Illumina)의 차세대 시퀀싱(NGS) 장비 NovaSeq X를 성공적으로 도입했다고 밝혔다.

NovaSeq X는 2017년에 공개된 NovaSeq 6000의 후속 제품으로, 이전 모델 대비 한 번에 시퀀싱 가능한 DNA의 양이 최대 2.5배에 달해, 한 번의 런으로 최대 128명 환자의 전장 유전체(WGS) 혹은 1500명 환자의 전장 엑솜(WES) 데이터를 생산할 수 있다.

글로벌 희귀질환 진단 검사 시장은 선별된 유전자를 대상으로 하는 유전자 패널(Panel) 검사 중심의 시장에서 인간 유전체 전체를 검사 대상으로 하는 전장 엑솜(WES)과 전장 유전체(WGS) 기반의 시장으로 급격히 재편되고 있다.

전장 엑솜과 전장 유전체 기반의 희귀질환 진단 검사 시장은 매년 40% 이상 글로벌 시장 규모가 성장하고 있다. 쓰리빌리언도 2022년 9월 누적 대비 2023년 9월까지의 전장 유전체(WGS) 검사 주문 건수가 13배가 넘을 만큼 빠르게 글로벌 시장에서 성장을 지속하고 있다.

전장 엑솜과 전장 유전체는 한 환자당 각각 10만 건과 500만 건 이상의 유전변이를 생산해 내, 인공지능을 기반으로 한 변이 해석 기술이 환자 진단의 성패를 가르는 핵심이 된다.

2022년 CAGI6 대회 우승과 2023년 Xcelerate RARE 대회 우승 등 인공지능 희귀질환 분야 글로벌 최고 수준의 기술력을 인정받고 있는 쓰리빌리언은 유전체 변이 해석 기술을 기반으로 대용량 유전체 환자 데이터를 빠르고 정확하게 해석해 적시에 환자 진단 검사 결과를 의료진에 제공하고 있다.

이번 NovaSeq X의 도입으로 쓰리빌리언은 더 빠르게 더 많은 희귀질환 환자들의 유전체 데이터를 생산해 낼 수 있게 되어, 글로벌 희귀질환 진단 검사 서비스 경쟁력을 한층 강화할 수 있을 것으로 기대하고 있다.

[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 금창원 쓰리빌리언 대표이사(오른쪽)가 2022년 9월2일 코오롱인터스트리와 유전자치료제 개발을 위한 교류 협약(MOU)을 체결하고 한성수 코오롱인더스트리 미래기술원장과 악수를 하고 있다. <코오롱인더스트리>

△코오롱인더스트리 미래기술원과 신약개발 협력
쓰리빌리언은 2022년 9월2일 코오롱인더스트리 미래기술원과 신약개발 협력을 위한 업무협약(MOU)을 맺었다. 쓰리빌리언은 코오롱인더스트리 미래기술원과 협력을 계기로 그동안 구축해 온 인공지능 신약개발 기술을 이용한 신약개발 사업화를 추진해 나가겠다는 계획을 세웠다.

쓰리빌리언은 유전질환 진단 사업을 통해 확장되고 있는 방대한 유전질환 환자 유전체 데이터와 인공지능 기술을 활용해 신규 약물 타깃 발굴, 신약 후보물질 발굴, 물질 안전성 예측을 할 수 있는 신약개발 플랫폼을 구축했다. 코오롱인더스트리 미래기술원과 협력을 통해 다양한 질환에 대한 신규 타깃 발굴과 파이프라인 구축을 해내는 것을 목표로 삼았다.

금창원은 “유전자치료제 개발의 전문성을 가진 코오롱인더스트리와 대규모 유전질환 유전체 데이터와 인공지능 기술을 가진 쓰리빌리언의 협력을 통해 다양한 유전질환 치료제 파이프라인을 효율적이고 빠르게 발굴할 수 있는 프로세스를 정립할 수 있을 것"이라며 "현재 알려진 유전질병의 95%는 치료제가 없다. 양사의 협력을 통해 다양한 유전 질환에 대한 치료제 개발로 이어질 수 있도록 노력하겠다"고 말했다.

코오롱인더스트리 미래기술원은 “이번 협약은 바이오헬스케어 분야에서 또 하나의 성장 동력이 될 것”이라며 ”코오롱이 보유하고 있는 유전자 치료에 대한 R&D 경쟁력과 쓰리빌리언의 인공지능 기반 혁신 기술을 토대로 시너지를 낼 것”이라고 기대감을 보였다.

양사는 유전자치료제 개발을 위한 협력을 시작으로 저분자화합물 신약개발, 쓰리빌리언의 인공지능 신약개발 플랫폼을 기반으로 한 신약개발 협력 등 다양한 형태의 협력까지 염두에 뒀다.

△노바티스가 최종 선정한 업체
쓰리빌리언이 2021년 12월8일 한국노바티스가 서울시, 한국보건산업진흥원과 공동 개최한 제2회 ‘헬스엑스 챌린지 서울(Health X-Challenge Seoul)’ 공모 프로젝트에서 유전성 망막 질환 부문 기업으로 최종 선정됐다.

‘헬스엑스 챌린지 서울’ 공모 프로젝트는 글로벌 노바티스사의 바이오·디지털 헬스케어 분야 혁신기술 경진대회인 ‘헬스엑스 월드 시리즈(HealthX World Series)’의 일환으로 론칭한 국내 오픈 이노베이션 프로그램이다. 혁신적이고 경쟁력 있는 아이디어를 가진 바이오 및 디지털 헬스케어 분야의 국내 우수기업들을 발굴하고 지원하기 위해 마련됐다.

유전성 망막 질환 부문에서 최종 선정된 쓰리빌리언은 유전성 망막질환 진단에 AI를 도입해 변이 해석 정확도를 2배 이상 높이고 진단에 드는 시간과 비용은 낮춰 전반적인 진단 효율을 높였다는 점에서 높은 평가를 받았다. 진단 효율이 높아지면 더 많은 환자들이 빠르게 치료 기회를 제공받을 수 있게 된다.

금창원은 “유전성 망막질환 환자들이 효과적으로 진단을 받을 수 있도록 질환 특이적으로 기술을 고도화하고, 노바티스와 협력을 통해 유전성 망막질환 진단에서 치료까지의 과정이 효과적으로 연계될 수 있도록 노력하겠다”고 밝혔다.

최종 선정된 기업에게는 연구지원금 각 4천만 원이 수여되며, 2년간의 서울바이오허브 입주 혜택과 함께 서울바이오허브의 전문 컨설팅 및 해외시장 진출 지원 등 초기 창업기업 성장지원 프로그램 등이 제공된다. 한국노바티스의 전문가와 연계한 멘토링, 글로벌 네트워크 형성 및 시제품 연구 및 개발 등 글로벌 진출을 위한 다양한 프로그램 이용 혜택도 주어진다.

△마크로젠과 희귀질환 유전자 진단 공동제품 개발
쓰리빌리언은 정밀의학 생명공학 기업 마크로젠과 함께 희귀질환 유전자 진단 공동 제품 출시 계약을 체결했다고 2018년 11월27일 밝혔다.

두 회사는 치료를 하기도 전에 진단 자체가 걸림돌이 되는 희귀질환 문제점을 개선하고, 글로벌 시장을 함께 개척하기 위해 희귀질환 유전자 진단 공동 제품을 출시하기로 합의하고 계약을 체결했다.

희귀질환 유전자 진단은 크게 유전자 해독, 변이 검출, 변이 해석, 질병 진단 순서로 진행된다. 쓰리빌리언은 이 중 가장 큰 병목인 ‘변이 해석’ 문제를 정확하고 효율적으로 해결하는 인공지능 변이해석기를 보유했다. 국내외 1천여 명의 희귀질환 환자를 대상으로 효용성을 검증했다. 이를 기반으로 ‘희귀질환 유전자 진단 제품’을 출시할 준비를 마쳤다.

마크로젠은 유전자 해독 및 변이 검출에 있어 세계적 기술력과 경쟁력을 갖췄다. CAP과 CLIA 등 글로벌 시장에 정밀의료 유전자 진단 서비스를 제공하는 데 필요한 인증을 모두 확보하고 있으며, 연간 9만 명 이상의 전장 유전체를 해독할 수 있는 분석 인프라를 완비하고 있다.

또한 미국, 일본, 유럽, 싱가포르, 호주 등에 위치한 해외 법인과 지사를 통해 세계 시장에 빠르게 진출할 수 있으며, 현지 의료기관 및 고객에게 효율적으로 서비스를 공급할 수 있는 체계를 구축하고 있다.

마크로젠과 쓰리빌리언은 양사가 보유한 전문성을 십분 발휘해 빠르게 성장하는 글로벌 희귀질환 유전자 진단 시장을 함께 공략하고 선점해 나가기로 합의했다. 이를 통해 쌓이는 희귀질환 유전자 빅데이터를 활용해 공동연구를 진행하고 희귀질환 치료제 개발까지 이어간다는 계획을 세웠다.

△쓰리빌리언이 걸어온 길
2016년 10월 금창원이 쓰리빌리언을 설립했다.

2017년 3월 희귀질환 유전자 검사 DTC 베타 서비스를 시작했다.

2018년 1월 변이 해석 시스템 개발에 돌입했다.

2019년 2월 WES 기반 유전자 검사 '3B-EXOME'을 출시했다.

2021년 12월 미국 임상병리학회 실험실 인증(CAP)을 획득했다.

2022년 6월 WGS 기반 유전자 검사 '3B-GENOME'을 출시했다.

2022년 12월 미국 임상 검사 실험실 인증(CLIA)을 획득했다.

2023년 3월 캘리포니아 임상연구실 인증(CDPH)을 획득했다.

2023년 12월 데이터 기반 유전자 검사 '3B-INTERPRETER'를 출시했다.

2024년 11월 코스닥에 상장했다.

2024년 12월 검사 환자 누적 6만 명을 돌파했다.

2025년 4월 변이 해석 솔루션 '제브라(GEBRA™)'를 출시했다.

비전과 과제/평가

◆ 비전과 과제
[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 금창원 쓰리빌리언 대표이사가 2024년 10월25일 서울 여의도에서 기업 공개(IPO) 간담회에서 포즈를 취하고 있다. 금창원 대표는 이날 글로벌 최고 수준의 AI 기술에 힘입어 상장 후 2년 내 흑자 전환이 가능하다는 자신감을 드러냈다. <쓰리빌리언>

금창원은 향후 5년 내 희귀질환 유전자 진단 분야에서 연매출 1천억 원 달성을 목표로 하고 있다.

쓰리빌리언은 AI 기반 희귀질환 진단의 글로벌 리더로 발돋움하겠다는 포부를 갖고 있다.

이를 위해 향후 미국과 중동 지역의 희귀질환 시장 공략에 집중하고자 한다. 중동 내 가장 큰 시장인 사우디아라비아의 정부조달 프로젝트 사업도 준비하고 있다.

단순한 진단 서비스 제공을 넘어 AI 기반 축적된 유전체 데이터를 통해 희귀질환 치료제 개발까지 확장하는 ‘진단 → 치료(신약 개발) 융합 모델’을 비전으로 제시하고 있다.

금창원은 글로벌 시장에서의 적응력을 키워야 할 것으로 보인다.

대규모 데이터의 안정적 확보와 함께 조직·경영 시스템 강화, 안정적 자금 운용 등 여러 과제를 동시에 풀어야 하는 시점에 와있다.

특히 신약 개발 쪽 확장은 리스크가 크다. 그만큼 진단 사업의 수익성과 기술 경쟁력을 기반으로 단계적으로 접근하는 전략이 필요하다.

◆ 평가
[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 금창원 쓰리빌리언 대표이사(오른쪽)가 2021년 12월8일 노바티스와 서울시·한국보건산업진흥원이 공동 개최한 제2회 ‘헬스엑스 챌린지 서울(Health X-Challenge Seoul)’ 공모 프로젝트에서 최종 선정돼 김원필 한국노바티스 혁신협력팀 전무와 기념촬영을 하고 있다. <한국노바티스>

금창원은 생명정보학을 전공한 연구자 출신이다.

책임감을 갖췄다.

광범위한 질환, 환자 범위가 훨씬 큰 질환 보다는 희귀질환과 난치질환에 관심을 가졌다.

포기하지 않는 끈기가 있다.

첫 창업에 실패했지만 경험과 전문성을 쌓아 다시 창업에 나섰다.

위기 대응력을 갖고 있다.

사건사고
[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 쓰리빌리언이 2025년 5월26일 이탈리아 밀라노에서 열린 ESHG 2025에 참가해 부스를 열고 자사 기술을 소개하고 있다. <쓰리빌리언>

△순손실 구조 장기화 우려
쓰리빌리언의 매출 성장에도 영업손실이 커지며 순손실 구조의 장기화 우려가 제기됐다.

쓰리빌리언은 2021년 5억 원에서 2024년 58억 원으로 매출은 11배 성장했지만 같은 기간 누적 영업손실이 306억 원에 달한다. 2024년에도 74억 원의 영업손실을 기록하며 흑자전환에 실패했다.

회사 측은 이같은 적자기조가 인공지능(AI) 기반 해석모델 고도화, 자동화 진단 시스템 인프라 구축, 글로벌 인증 확보 등 선제투자에 따른 결과라고 설명한다.

그러나 현금 흐름을 뒷받침할 고정 매출원이 부족한 상황에서 기술만으로 버티기에는 한계가 있다는 지적이 나온다.

2025년 7월14일 업계에 따르면 쓰리빌리언은 2025년 하반기 미국 현지법인을 세우고 텍사스주를 기반으로 CLIA 인증 랩을 마련할 계획을 갖고 있다. 이곳은 검사실자체개발검사(LDT) 형태로 희귀질환 유전자 검사를 수행하고, 현지 보험사가 지정한 절차에 따라 수가 청구를 진행할 예정이다.

업계는 이번 미국 진출이 쓰리빌리언의 적자 탈출을 위한 분기점이 될 지 예의주시하고 있다.

회사 측은 연매출 190억 원 전후에서 손익분기점(BEP) 도달이 가능하다는 입장을 내놨다. 현재 매출 성장 속도와 고정비 구조를 감안할 때 중기 내 무리 없이 도달할 수 있을 것이라는 판단을 하고 있다.

△상장 이틀째까지 주가 하락
2024년 11월14일 코스닥에 상장한 쓰리빌리언이 상장 이틀째까지 주가가 하락했다.

2024년 하반기 들어 이른바 공모주 한파로 상장사들의 상장직후 주가 하락이 이어지는 경향이 계속되는 가운데 증권가에서는 공모 과정에서 과하게 부풀려진 몸값이 원인이라고 짚는 분석이 나왔다.

2024년 11월15일 오전 9시 50분 기준 코스닥 시장에서 쓰리빌리언은 전날보다 455원(11.1%) 하락한 3645원에 거래 중이었다. 장 중 3595원까지 낙폭을 키우기도 했다. 상장 첫날인 전날 기록한 고점 6300원과 비교해서는 43% 내린 주가다.

앞서 코스닥 상장 첫날인 2024년 11월14일에는 공모가(4500원)보다 9% 가까이 하락했다.

이날 코스닥 시장에서 쓰리빌리언은 공모가보다 8.89% 떨어진 4100원으로 장을 마감했다.

시가는 공모가보다 20.22% 높은 5410원으로 형성된 뒤 장 초반 40% 뛰어 6300원까지 올랐지만 오후 들어 빠르게 오름폭을 줄이다 결국 하락 전환했다.

기업공개(IPO) 시장의 위축된 분위기를 반영해 공모가를 희망 범위 하단으로 확정했으나, 이날 국내 증시 전반에 대한 투자 심리가 한층 나빠지자 주가가 뒷심을 발휘하지 못했다.

2024년 11월 들어 코스닥에 입성한 신규 상장주들이 이처럼 상장 첫날 하락 마감했다. 새내기주의 주가 부진 요인으로는 '과도하게 높은 공모가가 지목됐다. 증권업계 매출과 이익 등 실적 기반이 아직 불안정한 기업들마저 공모가를 높게 확정하면서 결국 주가 하락이 나타날 수밖에 없는 것이라고 설명했다.

경력/학력/가족
◆ 경력
[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 금창원 쓰리빌리언 대표이사(가운데)가 2024년 11월14일 한국거래소에서 열린 코스닥 상장기념식에서 직원들과 함께 기념촬영을 하고 있다. <쓰리빌리언>

2007년 3월부터 2010년 7월까지 분자설계연구소 연구원으로 근무했다.

2012년 1월부터 2014년 12월까지 제퍼런스를 창업해 대표이사에 올랐다.

2015년 4월부터 2016년 10월까지 마크로젠에 합류해 임상유전학팀장을 맡았다.

2016년 10월 쓰리빌리언을 창업하고 대표이사에 올랐다.

◆ 학력

2005년 숭실대학교 생명정보학과를 졸업했다.

2007년 KAIST(한국과학기술원)에서 생명정보학 석사학위를 받았다.

2012년 서던캘리포니아대(USC) 생명정보학(Computational Biology and Bioinformatics) 박사과정을 수료했다.

◆ 가족관계

◆ 상훈

◆ 기타

쓰리빌리언은 2024년 금창원을 비롯 등기이사 5명에게 총 8억2600만 원의 보수를 지급했다. 1인당 평균보수액은 1억6500만 원이다.

금창원은 2025년 6월30일 현재 주식 540만 주를 들고 있다. 이 주식은 2025년 9월24일 종가(8670원) 기준 468억1800만 원의 가치를 지닌다.

어록
[Who Is ?] 금창원 쓰리빌리언 대표이사

▲ 금창원 쓰리빌리언 대표이사(왼쪽)가 2025년 8월12일 회사를 방문한 전남 보성 용정중학교 과학동아리 ‘SVD(Science Volunteers Dongari)’ 학생들과 기념촬영을 하고 있다. <쓰리빌리언>

“이르면 내년, 늦어도 2027년에는 흑자전환이 가능할 것으로 예상한다. 연매출 180억 원을 넘기는 시점이다. 우리가 보유한 장비는 한 대로 20만 명까지 데이터를 생성할 수 있다. 현재 연간 1만~2만 건을 처리하지만, 그 10배로 늘어도 비용은 거의 늘어나지 않는다는 점이 사업의 특성이다. 10만 건만 맡아도 연매출 1천억 원 돌파가 가능하다. 수치적인 매출 목표는 두지 않고 있다. 사회가 필요한 제품과 서비스로 사업을 하는 것이 스타트업 대표의 역할이다. 우리가 만든 서비스를 전 세계의 희귀질환 환자들에게 최대한 많이 도달하게 하는 것이 목표다. 매출은 우리가 이 목표에 얼마나 가까워지고 있는지 보여주는 지표일 뿐이다.” (2025/03/17, 이투데이 인터뷰에서)

“AI 소프트웨어 기반으로 창업해 초기 자본이 (다른 연구시설이 있어야 하는 회사 대비) 덜 들었다. 순차적으로 투자를 받아 실험실(Lab)을 구축하는 과정을 거쳤지만, 시리즈 A까지 쉽지만은 않았다. 당시 쓰리빌리언을 믿고 투자해 준 분들께 항상 감사한 마음이다. 시리즈 A 이후에는 약속한 마일스톤들을 잘 달성해 낸 덕에 순조롭게 투자를 받고 성장할 수 있었다. (올해 4월 시리즈C까지 약 290억 원을 유치할 수 있었던 이유는) 사업 초기에 투자자를 사로잡을 와우팩터(wow factor, 감탄요소)가 필요하다고 생각했다. 그렇게 쓰리빌리언의 와우팩터로 내세운 것이 유전 질병 7천 개를 한번에 검사할 수 있는 기술이었다.” (2021/11/11 히트뉴스 인터뷰에서)

“유전체분석과 진단에서 가장 앞서나가는 기업이다. 희귀질환 진단을 위해선 쓰리빌리언의 기술이 필수인 단계로 성장하려 한다. 중장기적으로는 신약 개발 플랫폼이 목표다. 희귀질환을 유발하는 단백질을 저해하거나 활성화하는 게 결국 신약의 개념이다. 타깃이 명확해지면 신약후보물질을 인공지능 기반으로 디자인할 수 있다. 마지막 단계인 임상에서 1상은 약물의 안전성을 검증하는 것인데, 희귀질환에 대한 데이터가 많을수록 이를 기반으로 한 안전성을 더욱 확대할 수 있다. 신약후보물질을 글로벌 제약사와 함께 개발할 수도 있고, 우리가 직접 개발·제조하는 것도 가능해진다. 빠르면 2023년까지 신약후보물질에 대한 라이선싱을 받는 게 목표다. 우리가 만든 후보물질을 글로벌 제약사가 구입하는 방식이 될 것이다.” (2021/01/27, 포브스코리아 인터뷰에서)

“유전자 검사는 소비자들이 원하는 제품이 아니라는 피드백을 받았다. 건강한 일반인들은 20~30년 후에 어떤 질병에 걸릴 가능성이 있는지에 관심이 별로 없다는 것이다. 한국에서 ‘소비자 직접 의뢰 유전자 검사(DTC)’가 꽃을 피우지 못하는 이유도 사람들이 필요 없는 제품이라고 여기기 때문이다. 그래서 아예 ‘진단’으로 방향을 바꿨다. 희귀질환자 중에는 내가 정확히 어떤 질환인지 알고 싶어 하는 사람이 많다. 이 제품이 시장에 나오면 의미도 있고 시장성도 클 것이라 생각했다.” (2019/02/28 비즈한국 인터뷰에서)

“게놈산업은 계속 성장할 것이다. IT산업의 역사를 봤을때 초기에 ‘킬러 어플리케이션(특정 플랫폼을 반드시 사용하게 만들 정도의 능력이 있는 컴퓨터 소프트웨어)’을 가진 회사가 하나의 대형 플랫폼이 됐다. 게놈산업에서는 많은 유전자 데이터를 보유한 회사가 '넥스트 구글(Next Google)'이 될 것이라고 생각한다. 쓰리빌리언은 ‘희귀질환 검사 모델’이라는 소프트웨어를 킬러 애플리케이션으로 제공하는 것이고 우리가 크게 성장하면 결국 이를 기반으로 한 플랫폼 회사가 되는 것이다.” (2017/02/09, 조선비즈 인터뷰에서)

“유전체 분석 기반의 희귀 질환 검사는 해외 선구적인 병원 몇몇 곳이 서비스하고 있지만, 건당 만 불 수준의 가격으로 소비자에게 부담스러운 수준이었고 분석 수준도 천차만별이었다. 쓰리빌리언은 세계 최초로 범용 희귀 질환 진단 제품을 상용화하여, 환자의 검체 수집부터 분석까지 저렴한 가격에 제공한다. 전세계 많은 희귀 질환 환자들이 우리 제품을 통해 빠르고 정확하게 진단을 받을 수 있기를 바란다.” (2017/02/06, 유전체 분석 기반 희귀 질환 검사서비스를 출시하고)