최경환 경제부총리 겸 기획재정부 장관이 대기업이 실제로 내는 세금을 늘리는 방안을 추진하고 있다.

최 부총리는 부족한 세금수입을 충당하기 위해 법인세 세율을 올리는 것은 적절하지 않다고 본다. 최 부총리는 대신 대기업에 적용되던 비과세와 감면혜택을 줄이는 것을 검토하고 있다.

최 부총리는 17일 국회에서 “재정위기가 터진 그리스와 멕시코 등을 제외하면 최근 법인세를 올린 국가가 없다”며 “우리나라가 세계적 추세를 거슬러 법인세를 올리면 경제가 어떻게 되겠느냐”고 말했다.

최 부총리는 이명박 정부에서 법인세를 3%포인트 내린 영향도 박근혜 정부에서 시행한 비과세감면 축소와 최저세율 인상 등으로 어느 정도 상쇄됐다고 덧붙였다.

최 부총리는 대기업의 법인세 실효세율을 높여 세금수입을 늘리는 방안을 추진하고 있다.

법인세 실효세율은 기업이 투자세액과 연구개발 등의 각종 세액공제를 제외하고 실제로 내는 세금이 기업의 전체 소득에서 차지하는 비율을 가리킨다.

국내 10대 대기업은 2013년 기준으로 실효세율이 12.3%다. 이 실효세율은 법인세 최고세율인 22%의 절반 정도다.

연간 매출 5천억 원이 넘는 기업도 실효세율이 17.1%에 머무른다. 이 수치는 연간 매출이 1천억~5천억 원 수준인 중견기업의 실효세율 17.7%보다 낮다.

대기업은 투자와 연구개발 등에 대한 비과세감면 제도 혜택을 많이 받아 실효세율이 낮다.

정부는 지난해 법인세에서 연구인력개발비 세액공제로 1조9323억 원을 줄였다. 이 가운데 91.8%는 연간 매출 5천억 원 이상인 대기업의 몫이었다.

연간 매출이 5천억 원 이상인 기업은 고용창출투자 세액공제액 6405억 원의 83.3%를 가져갔다.

정부는 이 문제를 해결하기 위해 오는 8월 초 발표될 2016년 세법개정안에서 대기업의 세액공제 혜택을 줄일 것으로 보인다.

정부는 현재 기업을 대상으로 총 88개의 비과세감면 제도를 운영하고 있다. 이 제도들은 정부의 결정에 따라 2016년부터 혜택을 없앨 수 있다.

정부는 이 제도들 가운데 대기업에 적용되던 연구인력개발비 세액공제를 조정할 것으로 보인다. 연구인력개발비 세액공제는 기업의 연구개발활동을 지원하기 위해 연구소 직원 인건비와 연구용 물품값 등에 대한 세액을 줄여주는 제도다.

정부는 대기업에 한해 연구인력개발비에 적용되던 세액공제율을 현재 40%에서 더 낮출 것으로 보인다. 정부는 인건비 세액공제 대상도 연구 전담 인원으로 한정하는 방안도 검토하고 있다.

정부는 연구인력개발 설비투자 세액공제의 공제율도 대기업에 한해 지금보다 낮추는 방안을 논의하고 있는 것으로 알려졌다. 이 제도는 연구시험이나 직업훈련에 쓰이는 시설에 투자한 금액의 3~10%를 세금에서 빼주는 것이다. [비즈니스포스트 이규연 기자]